La herramienta permite determinar qué microorganismo puede ser potencialmente más beneficioso o eficiente para su uso como bioestimulante de plantas o agente de biocontrol de plagas.
(Agencia CyTA-Fundación Leloir)-. Un software gratuito y libre que permite identificar aquellas bacterias con características que pueden beneficiar el desarrollo y crecimiento de cultivos interés agronómico fue desarrollado con éxito por científicos de Rosario.
La nueva herramienta bioinformática, llamada GeM-Pro, fue diseñada y testeada por investigadores del Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario (IBR) y permite agrupar y predecir de forma rápida qué microorganismos presentan un mayor número de genes con capacidad de promover el crecimiento o proteger contra patógenos a las plantas.
“Se podrían seleccionar bacterias respecto a su capacidad de estimular el crecimiento vegetal o hacer un control biológico de plagas”, indicó a la Agencia CyTA-Leloir uno de los autores del avance, el doctor Martín Espariz, investigador del Laboratorio de Fisiología y Genética de Bacterias Lácticas del IBR, que depende del CONICET.
En un estudio publicado en la revista “Applied Microbiology and Biotechnology”, el software mostró ser capaz de clasificar más de 780 cepas de bacterias del género Bacillus, en base a la presencia de 84 genes clave que participan en mejorar el crecimiento de las plantas.
Lo interesante es que GeM-Pro puede ser ejecutada en cualquier computadora de escritorio común, ya que no requiere de gran capacidad de cómputo. “Esta es una de las grandes ventajas”, afirmó el científico del CONICET, para quien la herramienta hecha en Rosario “logró encontrar un lugar entre las aplicaciones más potentes del mundo para estudiar bacterias”. Así, puede analizar rápidamente cientos de genomas en poco tiempo, con una alta capacidad para discriminar genes “parecidos” descartando hasta un 40% de funciones biológicas de genes que otros análisis bioinformáticos considerarían de forma errónea como presentes.
El nuevo software también tendría la capacidad de identificar genes asociados a procesos asociados con la virulencia de las bacterias por lo que podría aplicarse tanto en los campos de la medicina como de la producción agropecuaria. En ese sentido Espariz destacó que GeM-Pro “puede ser también útil para estudiar bacterias patógenas o bien identificar bacterias probióticas beneficiosas para la salud que puedan incorporarse en alimentos. De hecho, aplicaremos la herramienta para la selección de cepas bacterianas para su uso en la industria de alimentos fermentados, como el queso y vino”.
Dado que determinar la secuencia del genoma bacteriano puede costar menos de U$S 50 por bacteria, el software también promete reducir los costos y tiempos en investigación y desarrollo de estudios in vivo, sostuvo Espariz quien también es docente de la Universidad Nacional de Rosario (UNR).
Del estudio también participaron su primer autor, Mariano Torres Manno, becario del CONICET en la Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas de la UNR y el IBR-CONICET; el doctor Lucas Daurelio, investigador del CONICET y docente en el Laboratorio de Investigaciones en Fisiología y Biología Molecular Vegetal (LIFiBVe), Cátedra de Fisiología Vegetal de la Facultad de Ciencias Agrarias de la Universidad Nacional del Litoral, en Esperanza, Santa Fe; María Dolores Pizarro, Becaria Postdoctoral del CONICET en el LIFiBVe; Marcos Prunello, de la UNR; y Christian Magni, de la UNR y del IBR-CONICET.
Martín Espariz (izq.), Mariano Torres Manno y Christian Magni, investigadores del Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario (IBR-CONICET), y de la Universidad Nacional de Rosario.